时间回到大战之后的三天后，木叶三忍大蛇丸，宇智波天才宇智波鼬屠杀宇智波一族叛逃的消息已经传遍忍界。

而得知木叶失去了大蛇丸与宇智波一族后，各个大国纷纷蠢蠢欲动，火之国边界时常出现摩擦，各国都在试探木叶的实力。

但是也就是这一天，关于那晚发生的事，木叶官方终于传出一个官方版本：

木叶火影辅佐团藏协同大蛇丸因不满三代火影，准备发动政变，推翻三代火影，而就在发动政变当晚，木叶英雄，木叶直属暗部火影护卫队队长，木叶梦魇，宇智波美琴以一己之力粉碎了团藏的阴谋。

打败并抓捕了团藏，作为团藏忠实的属下宇智波鼬为了报复，屠杀了宇智波一族，协同大蛇丸叛逃了。而我们的英雄宇智波美琴正在追捕叛忍大蛇丸，宇智波鼬。

而那晚美琴VS团藏与根部精英的影像，当晚亥一就用家传秘术通过暗部寅虎的视角制作出来，然后不小心的让各国间谍拿到。

在得到影像之后蠢蠢欲动的各国边境忍者都退回了自己的忍村。自此木叶的边境危机终于解除。

自忍界修罗宇智波斑之后，宇智波一族再次出现一个响彻忍界的宇智波族人，后世人称忍界梦魇宇智波美琴。

但由于宇智波一族灭族，以及根部的损失惨重，导致木叶暗部要分出更多的忍者来维持治安，而各种任务也严重人手不足。

三代火影决定将根部剩余的忍者，全部吸收进暗部，维持村子的治安，而优秀的暗部忍者，例如卡卡西等全赶出去做任务。