张三丰的举动引来宋青书的不满，他联合了峨眉女弟子周芷若设计张无忌，致使其坠落悬崖。

辛得白眉鹰王座下婢女小昭相救，使其在悬崖之下遇到叛出少林的火工头陀，学会了“九阳神功”，治好了体内的寒毒。

之后，听闻江湖六大派围攻光明顶的消息，张无忌便和小昭奔赴光明顶，误入明教禁地，遇到了导致明教和六大派厮杀不断的元凶成昆。

不想成昆奸诈狡猾，将张无忌和小昭困在明教禁地之中，无意间发现阳顶天留下来的神功“乾坤大挪移”……

张无忌学会了“乾坤大挪移”之后，闯出了明教禁地，一人独斗六大派高手，将六大派高手逼退。

事后，张无忌被明教众人推举为教主，准备前往冰火岛接回金毛狮王谢逊。

离开光明顶，在前往冰火岛的途中，张无忌等人遇到了蒙古郡主赵敏，不小心中了十香软筋散的毒。

只有练成了“九阳神功”的张无忌没有中毒。

张无忌前去寻找赵敏要解药，不得已之下，答应了赵敏三件事。

在此之后，张无忌发现少林人去寺空，有很多少林弟子的死尸，并且在佛寺背后，看到了“先诛少林，再灭武当”的八个大字。

见少林如此惨相，张无忌心知武当大难临头，立马赶回武当，抢在赵敏之前救下了武当。

但赵敏把六大派的弟子抓到了大都万安寺之中囚禁，要求张无忌前往大都救人，不然就把抓来囚禁的六大派弟子统统杀掉……

这就是电影倚天屠龙记之魔教教主的大体剧情。