郑芝龙以台湾魍港为基地，劫掠福建及广东数地，使明朝官兵疲于奔命，虽其间有朝廷招安动作，郑拒绝并在台海纵横两年六个月，雄霸一方。

郑芝龙势力至崇祯元年已有船700艘；当时福建泉州府同安知县写给福建巡抚的文书中说郑芝龙虽事劫掠，但对泉州百姓却是异常仁慈，不但不杀人，甚至救济贫苦，威望比官家还高。“所到地方但令报水（即通报官府踪迹），而未尝杀人。有彻贫者，且以钱米与之。”

崇祯皇帝即位后，郑氏兄弟同年自台湾率领十八芝进攻泉州，大破福建舰队，燕京震动，朝廷招安海盗。崇祯元年，闽南又遭大旱，饥民甚众。郑芝龙在熊文灿支持下，再度招纳漳、泉灾民数万人，

九月就抚于福建巡抚熊文灿，率部降明，诏授海防游击，任五虎游击将军，离开他多年经营的海上贸易根据地台湾，坐镇闽海。

此时，郑芝龙有部众3万余人，船只千余艘，仍率领原部，为明廷守备沿海以防海盗倭寇和荷兰人进攻，率军讨伐其他昔日结拜契兄弟海盗力量，包括李魁奇、钟斌，官至总兵。不久便返回福建泉州南安老家，成为当地首富。

崇祯三年季春，郑芝龙在晋江安海镇建置豪华府地，历时3年又2个月告峻。安平成为郑芝龙拥兵自守的军事据点和海上贸易基。

时人称：郑府位于安平桥以北，西从西埭抵西港，北达西垵头，南临安平桥头，直通五港口岸，占地138亩。主构为歇山式五开间十三架，三通门双火巷五进院落。两旁翼堂、楼阁，亭榭互对，环列为屏障。东有“敦仁阁”，西有“泰运楼”，前厅为“天主堂”，中厅为“孝思堂”，规模宏耸。大厝背后辟有“致远园”，周以墙为护，疏以丘壑、亭台、精舍、池沼、小桥、曲径、佳木、奇花异卉，不知凡几。

郑家说是海商，实在是海盗，他们就是因为做海盗做的实在是太大了，朝廷的剿之不灭才无奈招安。

他们崇祯元年诏安到现在也不过是7年而已，他们郑氏家族显赫一时安平城也不过今年初才建成。